De flora van het park is zeer verscheiden (er zijn meer dan 900 soorten planten), dit komt door de verschillende ecosystemen (water en land) die in het park aanwezig zijn.
Er groeien hier planten soorten die zeer zeldzaam zijn of enkel inheems zoals de gramínea Vulpia fontquerana en de diminuta escrofulariácea Linaria tursica, beide opgenomen in de Catálogo Nacional de Especies Amenazadas, ook de enebro costero (Juniperus oxycedrus subsp. macrocarpa) en andere zeldzaamheden zoals de Micropyropsis tuberosa, Hydrocharis morsus ranae of de Thorella verticillatinundata, allen opgenomen in de Catálogo Andaluz de Especies de Flora Silvestre Amenazada kan men hier vinden.
Voor nog meer informatie, kijk dan op ‘Toerisme in Spanje’. U kunt ook kijken op de site van het bezoekerscentrum.
De Iberische lynx is een van de meest bedreigde katachtigen ter wereld. De drastische vermindering van dit dier op het Iberische schiereiland maakte dat het een beschermd dier werd in 1966. Er bestaan kolonies van lynxen in de natuurparken van de Sierra de Ándujar y Cardeña, Montoro en van Doñana.
De pogingen om het aantal dieren in stand te houden gaan in de eerste plaats naar het probleem van de hoge sterftecijfers van de dieren,dit sterftecijfer heeft als belangrijkste oorzaak de wegen die het park doorsnijden en de wagens die de wegen gebruiken en zo de dieren doodrijden.
In het Nationaal Park van Doñana zijn 6 bezoekerscenta, open het gehele jaar, uitgezonderd tijdens de week van Romería del Rocío en tijdens de kerstperiode.